新、旧《企业所得税法》在企业所得税纳税主体上的变化。
旧《企业所得税暂行条例》及其实施细则规定：实行独立经济核算的企业或者组织，为企业所得税的纳税义务人。所谓独立经济核算的企业或者组织，是指纳税人同时具备在银行开设结算账户，独立建立账簿编制财务会计报表，独立计算盈亏等条件的企业或者组织。
而在《国家税务总局关于如何认定企业所得税纳税义务人的批复》（国税函[1998]第676号）中又规定：对经国家有关部门批准成立，独立开展生产、经营活动的企业或组织，按有关法律、法规规定应该实行独立经济核算，但未进行独立经济核算的，虽不同时具备税法规定的独立经济核算三个条件，也应当认定为企业所得税纳税义务人。
新《企业所得税法》第一条规定：在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织，为企业所得税的纳税人。为增强企业所得税与个人所得税的协调，避免重复征税，《企业所得税法》明确了个人独资企业和合伙企业不作为企业所得税的纳税人。但对在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的企业所得税缴纳方面，新《企业所得税法》第五十条规定：居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
由此可见，新《企业所得税法》是以法人组织为纳税人，改变了以往内资企业所得税以独立核算的三个条件来判定纳税人标准的做法。按此标准，企业设有多个不具有法人资格营业机构的，实行由法人汇总纳税。非法人的分支机构需就地预缴企业所得税的，应当以总机构的名义缴纳。分支机构并非是企业所得税的纳税主体，并且非法人的分支机构也不必再进行企业所得税汇算清缴。分支机构的财务报表应当与总机构并表，在合并报表过程中，对总公司收取的管理费（记“其他业务收入”科目）与分支机构支付的管理费（记“管理费用”科目）是对价关系，通过会计合并报表来结零。
在以总机构为单位计算缴纳企业所得税时，不存在分支机构上交的管理费用是否允许税前扣除问题。而作为非法人的分支机构也不存在企业所得税汇算清缴问题。
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