1.明确登记机关的审查义务

　　《公司法》第二百零九条规定，公司登记机关对不符合本法规定条件的登记申请予以登记，或者对符合本法规定条件的登记申请不予登记的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。

　　从该规定看，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员的法律责任规定得似乎非常明确，实则无法避免对合法申请不登记和对不合法申请登记的情形。认定相关人员的法律责任，首先要认定当事人的申请是否符合法律规定。但是，由于法律对登记机关的审查义务规定不明确，所以，相关责任人员的法律责任无法落到实处。笔者认为，立法应明确规定什么样的登记申请符合规定条件，以减少审查问题的出现。

　　2.建立企业注册官制度

　　企业注册官制度是指被聘任的企业注册员在规定的业务职权范围内，对申请人设立、变更或注销企业登记注册的申请，依法独立履行受理、审查、核准职能，并承担相应法律责任。

　　企业注册官制度在发达国家已有上百年历史，具有“责任明确、便捷高效、人员稳定、专业化程度高”的特点，成为实行现代企业登记制度的必然选择，是当今国际通行的登记制度。实行企业注册官制度有利于提高服务效率，有利于工商行政管理队伍职业化，有利于改善投资环境，促进经济发展。

　　需要指出的是，企业登记虽然是一种行政行为，但与私法行为和民事行为不可分割。因为，企业登记是依申请的行政行为，民事行为的效力问题无法回避，如作出准予股权变更的前提必定是审查人员认为股权转让协议合法有效。可见，企业注册官制度对登记人员的要求比较高，应尽量由民商法学专业或者精通民商法学的人员承担企业登记的审查任务。

　　3.明确实质审查义务的承担机关

　　《行政许可法》从保护当事人权益的角度更加关注效率，《公司法》从维护市场秩序的角度更加关注安全，二者之间的冲突使登记机关的审查陷入两难境地。

　　例如，《公司法》第二十二条规定，股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起60日内，请求人民法院撤销；公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。从该条规定来看，对股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式或者决议内容有争议的，可以通过民事诉讼途径解决。

　　问题在于，如果当事人认为公司变更登记时提交的股东会决议违法，向登记机关投诉要求撤销变更登记并拒绝就股东会决议问题提起民事诉讼，登记机关怎么办？能否中止撤销程序等待民事判决？实践中，已经出现了法院裁定中止案件审理等待登记机关作出行政决定，而登记机关中止撤销程序等待民事判决的例子。

　　有学者提出，为避免此类事情的发生，可将公证制度引入有限公司股权变更登记程序，由公证人员对当事人身份进行审查，确定当事人意思表示的真实性和合法性，出具具有法律意义的公证文书。就股权转让公证而言，涉及股权转让协议（合同）书的内容是否合法，转让人、受让人的主体资格是否合格，转让标的是否属于转让人独有的股权（是否属于家庭共有、夫妻共有，是否产生继承），双方签字、印章是否属实等事项。如果有限公司在办理股权转让登记时，提交公证机关出具的股权转让公证书，登记机关据此办理公司变更登记手续，可以最大限度地防范登记风险。

　　鉴于公司登记和物权登记中登记机关面临的审查问题具有相似性，笔者在此先对物权登记中应否引入公证制度加以分析。在《物权法》出台之前，许多学者力主物权登记程序应引入公证制度，最基本的理由是公证机关更具备实质审查的专业水准和承担赔偿责任的能力。反对意见认为，建立不动产转让的强制公证制度，必须有充分理由，由公证机关进行实质审查更具权威性和公信力的说法无法令人信服。2005年10月23日，全国人大法律委员会发布了《关于〈中华人民共和国物权法（草案）〉修改情况的汇报》，其中特别说明了物权登记前的公证问题，明确否定了物权登记引入法定公证制度的提议。

　　笔者认为，根据法律规定需要进行实质审查的，审查义务不应由公证机关承担。如果由公证机关承担这一义务，相当于又增加了一个登记机关，区别仅在于前一个登记机关进行实质审查，后一个登记机关进行形式审查，其结果是部门重叠，推诿扯皮，浪费国家人力物力，增加当事人的负担。

　　此外，根据法律规定需要进行实质审查的，审查义务也不应先由法院承担。例如，如果第三人向登记机关提出申请人提交的申请材料虚假要求不予登记，但第三人拒绝就申请材料的真伪问题提起民事诉讼，能否中止登记程序等待民事判决？笔者认为，登记机关不能中止登记程序等待民事判决。行政行为接受司法审查是应当的，但是，其前提是必须有行政行为存在。登记机关接到投诉后，有义务对申请材料是否虚假作出认定并作出是否登记的决定。当事人对该决定不服可以提起行政诉讼，行政行为要接受司法审查。如果在登记机关作出是否登记的决定之前，第三人就申请材料如转让合同的真伪问题提起民事诉讼，法院不应当裁定中止案件审理等待登记机关作出行政决定，登记机关也不应当中止登记程序等待民事判决。

　　虽然法院和登记机关都要对转让合同的真伪问题作出判定，但是，任何一方作出决定都不需要以另一方的决定为前提，法院审查的是转让合同的真伪问题，登记机关审查的是申请材料是否符合法律规定，两者有本质的不同。