税收征管法实施细则第五十条规定，纳税人有解散、撤销、破产情形的，在清算前应当向其主管税务机关报告；未结清税款的，由其主管税务机关参加清算。企业清算是指企业因为特定原因终止时，清理企业财产、收回债权、清偿债务并分配剩余财产的行为。注销清算虽不是所有注销业务的必经程序，但对于企业解散、破产、撤销等情形，清算是必经程序，是结清企业所得税的最后一个环节，但事实上也是管好增值税的最后一道屏障。
    一般纳税人注销时存货如何处理对此税务人员持有两种不同观点：一种观点认为，根据《财政部、国家税务局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕第165号）第六条规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因此，对存货不用作处理，既不用征税也不用退税。另一种观点认为，企业有留抵税额不退，但企业有存货要作进项税额转出，这样做才不会让税款流失。这两种观点哪种正确？笔者认为都有不妥之处，第一种观点没有正确理解政策的规定，在注销一般纳税人资格时，按财税〔2005〕第165号文件的规定，存货不作进项税额转出处理，留抵税额也不予以退税是对的，但在企业注销的整个过程中，对存货不作任何处理是不对的。注销前不是还有注销清算程序吗？注销清算过程中不是要对存货进行处置吗？那么在存货的处置过程中就会产生增值税。也有的纳税人提出，存货不处置，把它存留在企业，就不用缴税了。但这个企业最终要被注销，存货的所有权主体最终是消亡了，那么这个存货总有一个所有权的归属，不可能成为无主的物权。企业的存货有可能处置变现了，应按销售存货来计算缴纳增值税；有可能抵债了，应按视同销售来计算缴纳增值税；有可能分配给投资者了，应按视同销售来计算缴纳增值税。第二种观点没有正确执行税收政策，企业有留抵税额不退，但企业有存货要作进项税额转出，这样处理的目的是不让税款流失，但有什么法律依据呢？没有依据，就会带来税收执法风险。
    从上述分析可以看出，一般纳税人注销要在清算环节作存货处理。这里要特别提醒的是，作存货处理时，一定要对存货作盘点。有的企业在被注销一般纳税人资格时，账面上的存货和实际库存相差悬殊，经检查发现，企业有的存货实际上已经销售，但由于对方不要发票，或者其他原因，这部分存货企业仍然虚挂在账上，其实存货早已销售却未计销售收入缴纳税款。对这种现象，税务人员一定要在清算时核实存货，因为正常销售价格与清算时的处置价格是有区别的。账面存货大于实际库存，还可能是企业的管理不善引起的非正常损失，这种情况应作进项税额转出处理。
    一般纳税人的资格应在清算前还是清算后注销现在的税务登记注销程序，一般是先注销一般纳税人资格再进行清算，那在清算前注销和在清算后注销对增值税的处理有什么影响呢？哪一种更有利于税收管理工作呢？
    例如，某企业销售电子产品，增值税税率17%，现因企业解散申请注销，没有留抵税款，存货20万元，清算时变价处理25万元。
    分析：在清算前注销一般纳税人资格，那在清算期间，纳税人变价销售的存货应按小规模纳税人纳税，缴纳增值税0.73万元[25÷（1＋3%）×3%]，而企业20万元的存货已抵扣了3.4万元（20×17%），显然，企业是抵得多，缴得少，就会形成一个明显的税收漏洞，很容易让不法分子假借注销逃避缴纳税款。
    如清算后再注销一般纳税人资格，在清算期间，纳税人销售存货仍按一般纳税人处理，除了价格上有差别，就不存在抵扣税率和征税税率之间的差别，这样就堵塞了税收漏洞，有利于提高税收征管的质效。还有，先在清算环节将存货处理完毕，应计税的已计税，有留抵的进行了抵扣，抵不完的再按财税〔2005〕第165号文件第6条的规定不予退税。
    对不需要清算的一般纳税人注销存货应怎样处理比如一般纳税人A企业，由于经营地址改变从甲地搬迁到乙地，在甲地需办理税务登记注销手续，但由于企业还要继续经营，经营活动也未发生改变，因此不必进行清算。对于这种情形，应按财税〔2005〕第165号文件第6条的规定对存货进行处理：有留抵税额不退，存货不作进项税额转出。同时根据《国家税务总局关于一般纳税人迁移有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第71号）第一条规定，增值税一般纳税人（以下简称纳税人）因住所、经营地点变动，按照相关规定，在工商行政管理部门作变更登记处理，但因涉及改变税务登记机关，需要办理注销税务登记并重新办理税务登记的，在迁达地重新办理税务登记后，其增值税一般纳税人资格予以保留，办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额允许继续抵扣。由此可见，该公司因住所、经营地点变动，在工商行政管理部门作变更登记处理，并依法在迁达地办理税务登记后，其增值税一般纳税人资格可以保留，不必重新认定。同时，对公司的增值税进项留抵税额可以继续抵扣。