按照新修订的《增值税暂行条例》第八条第四项规定：购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：进项税额=运输费用金额×扣除率。
    这是关于准予运输费用计算进项税额抵扣销项税额的原则性规定。纳税人购进或者销售货物以及在生产经营过程中，经常会发生运输费用支出，而运输部门取得运输费用不缴纳增值税，而缴纳营业税，这就存在增值税抵扣链条的中断问题。对于增值税纳税人来说，运输费用支出也是生产成本的组成部分。为了避免重复征税，有必要对运输费用所负担的税额予以抵扣，所以1994年国务院规定对增值税一般纳税人外购货物（固定资产除外）所支付的运输费用，根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额依10%的扣除率计算进项税额予以抵扣。经国务院批准，从1998年7月1日起，将增值税一般纳税人购进或者销售应税货物的运输费用的扣除率由10%降低至7%.为保持政策的连续性，减轻纳税人的增值税负担，新修订的条例第八条对此项政策作了明确规定，并将允许抵扣进项税额的范围扩大至所有生产经营过程所支付的运输费用。理解此项允许抵扣的进项税额时，需要与条例第十条结合，即：对于不得抵扣进项税额的货物及劳务的运输费用，以及销售免税货物的运输费用，是不得计算进项税额予以抵扣的，所以不得抵扣的运输费用包括：用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物所产生的运输费用，非正常损失的购进货物所产生的运输费用，非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物所产生的运输费用，国务院、税务主管部门规定的纳税人自产消费品所产生的运输费用。此外，销售免税货物的运输费用，也不得依据条例第八条的规定计算进项税额予以抵扣。新修改的《增值税暂行条例实施细则》第十八条规定，条例第八条第二款第（四）项所称运输费用金额，是指运输费用结算单据上注明的运输费用（包括铁路临管线及铁路专线运输费用）、建设基金、不包括装卸费、保险费等其他杂费。
    因此，准予抵扣的进项税额=（运费+铁建基金+临管铁路运费及新线运费）×7%。《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣有关问题的补充通知》（国税函[2003]970号）规定，中国铁路包裹快运公司（简称中铁快运）为客户提供运输劳务，属于铁路运输企业。因此，对增值税一般纳税人购进或销售货物取得的《中国铁路小件货物快运运单》列明的铁路快运包干费、超重费、到付运费和转运费，可按7%的扣除率计算抵扣进项税额。
    关于抵扣时限，《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）对增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票的抵扣期限，由90天调整为180天。但此规定未包含铁路运输发票，铁路运输发票抵扣期限应根据《国家税务总局关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理的公告》（国税发[2003]120号）规定，因此铁路运输发票抵扣期限仍为90天。
    另外，企业取得的汇总运费发票，对同一运价、同一起止地的多批次货物运输汇总开具运费发票，如发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运输单价、运费金额等项目与购货或销货发票上所列的有关项目相符，并附有运输清单且加盖运输企业发票专用章的，其汇总运费发票可以抵扣。
    截至目前，对丢失公路、内河货物运输统一发票暂未明确，所以企业如将尚未认证的《公路、内河货物运输统一发票》抵扣联不慎丢失，应按主管税务机关规定处理。